古人在书籍中区分了三种不同的宗族祠庙:一种是试馆、书室，是一种扩大的宗族组织；一种是以联合氏族形式建立的氏族庙。参与建庙的同姓宗族，可以追溯到一定的世系关系，经常祭祀入粤的共同祖先；第三种不是基于“宗族”的概念。所有加入这类宗庙的“家”都不能追溯到共同的世系，他们所崇拜的祖先大多是非常遥远的同姓名人。
三种不同类型的区分，对了解复杂的祠堂很有帮助。由于祠堂的多样性，很难简单概括得出结论。判断祠堂的性质，不能只以其自称的名称为依据，而应从其目的、组织、地点、实际功能、具体事件的影响等角度进行考察。此外，家族祠堂始于明末，盛于清代。它的发展经历了数百年的历史进程。在不同时期，家族祠堂是否有不同的建造目的、主要功能和形制差异？换句话说，祠堂的性质是否与历史进程中的特定时间段有关？
城市和农村都有大量的建筑，称为书院、自习室和家庭学校。如前一条所述，农村一些以自习室、书校、家校为名的建筑，是少数民族子弟的学校和自习室，更多的是私人团体的祠堂。城内除了以陈书院命名的庙外，还有许多以书院命名的宗族祠庙，可以说是气势恢宏，看似温润繁华。在政府眼里，这些祠堂都不是正经读书的地方。他们不仅不提倡，而且多次采取严厉措施禁止。咸丰二年(1852年)，他们曾把家祠堂称为“虽有书院、义学，但都是祠堂的别名，严禁使用”。
祠堂已经从农村的熟人社会到了城镇的陌生人社会。它所代表的社区不是血缘联系，而是以姓氏为主。在这种祠堂建筑中，第一扇门的门楣石或牌匾上常见的铭文是书院、图书馆、家塾或试堂。是书院还是祠堂？刘伯姬1939年出版的《广东书院制的演变》中没有以书院命名的祠堂和家庭庙宇。原因是很多祠堂虽然有书院之名，甚至承担了一些书院的职能，但不能称之为书院，有的祠堂根本没有真正的书院。
宗祠和宗祠也有本质的区别。穆野勋曾指出，宗祠与普通宗祠的区别在于“组成宗祠的人可能不承认彼此之间真正的血缘关系，甚至不完全理解这一点，同时利用同姓的条件，通过祭祀远祖来实现结合。”也就是说，这些祠堂既不是书院，也不是普通的祠堂，而是两者的混合体。既有职能偏向书院、审判庭的，也有偏向祠堂的。许多祠堂最初是以祠堂命名的，后来改名为书院或审判庭。事实上，书院和祠堂在精神和形状上有许多相似之处。到了清代中后期，祠堂甚至可以算是书院与祠堂的融合。祠堂和书院在价值观上有着内在的联系。他们在同一时期同时受到朝廷和政府的提倡，也经历了从精神到世俗的转变过程。是古代门到门的学制，在空间形态上连接宗祠和书院。学校以前是朝廷教育村民的地方，后来成为教育世家子弟读书的建筑；祠堂与书院的制度联系是涂油火和祭祀仪式的制度。
回顾历史，我们会发现广东祠堂建设的高峰期与书院建设的高潮在一定程度上是一致的。长江流域和东南各省书院建设的第一次高潮大约在南宋时期。这一时期广府没有重要的书院，南宋在广东只建立了26所书院。书院第二次集中建设时期是明朝嘉靖年间，当时广东每十年开书院约17.3所。第三次高潮是在清朝。清初，顺治皇帝颁布“不得创设书院”，书院创设停滞不前。但在雍正十一年(1733年)至嘉庆年间达到每十年20.4所，广府是广东书院最集中的地方。随着历史时期的推移和社会背景的变化，广东书院从最初的“隐居山林”的追求发展到对科举考试的实际适应。
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